要实现两台水泵交替自动启动，可以采用以下步骤：

安装水泵控制器：选择一款支持交替启动的水泵控制器，将其安装在控制箱内。

连接水泵：将两台水泵分别连接到水泵控制器中。

设置控制器参数：根据水泵控制器的说明书，设置相关的参数，包括启动时间、停止时间、运行模式等。

连接电源：将电源线接入控制箱内，确保电源线的安全可靠。

测试运行：进行测试，检查两台水泵的交替启动情况是否符合要求。

具体实现方式可以根据不同的水泵控制器来调整。在此之前请确保你具备相应的安装和电气知识，或请专业人士进行安装和调试。